原則として非居住者に対して、国内源泉所得に該当する支払をする者はその支払の際、源泉徴収をしなければなりません。御社のケースの場合は家賃支払い時に20%の源泉徴収をする必要があります。
このようなケースでは対象者(社員)が日本に居住者に該当するのか非居住者に該当するのかの判断と、対象となる所得(家賃収入)が国内源泉所得に該当するか否かの判断が必要になります。
日本の居住者に該当するかについては、海外勤務が1年以上の予定の場合には出国した時点で非居住者に該当します。
次に、不動産所得が国内源泉所得に該当するのは、その不動産の所在地国に所得の源泉がある場合とされています。したがって、このケースの家賃は国内源泉所得に該当します。